How come?

A interrogativa mais estranha em inglês é How come?  É uma alternativa informal a why e é muito usada na linguagem falada e praticamente só na linguagem falada.

How come + S + V + Complementos;  How come he went to the bank?

How come? é diferente de todas as outras interrogativas que começam com W e ou H WH question words: who, where, what how much, how many, how long, when, which e whose. How come não tem nada a ver com perguntas normais e regulares como how, how long, how many, etc.

Primeiro, vamos ver como se costuma fazer uma pergunta WH em inglês.  He went to the bank for some reason.  Ele foi ao banco por algum motivo.   O caminho entre a afirmação e a pergunta é essa.  Aqui, só a afirmação e a pergunta são frases corretas.  As outras são etapas intermediárias que mostram como se chega da afirmação à pergunta. A * indica que não se trata de uma frase correta.
He went to the bank for some reason.
*He did go to the bank for some reason.  Para fazer uma pergunta no passado, precisamos usar did, portanto went se transforma em did go nesta etapa.
*Did he go to the bank why  Temos que por did na frente da frase para fazer uma pergunta com um verbo de ação como go, play, eat, sleep ou drive no passado. A interrogativa que se precisa para saber por qual motivo for what reason é why.
Why did he go to the bank?   Por quê ele foi ao banco?

Uma pergunta com how come se monta de uma maneira muito mais direta. É só colocar uma afirmação depois de how come.  Nada mais simples.
He went to the bank.
How come he went to the bank?
Podemos fazer isso para qualquer afirmação.   They spell her name Kate.  Eles soletram o nome dela como Kate.  How come they spell her name Kate?  Por quê eles soletram o nome dela como Kate?  Sonia Sotamayor isn't on the cover.  Sonia Sotamayor (uma ministra do Supremo americano) não está na capa.  How come Sonia Sotamayor isn't on the cover? Por quê a Sonia Sotomayor não está na capa?  
How come também funciona em perguntas negativas.  I've never heard this before.  Eu nunca ouvi isso antes.  How come I've never heard this before?  Por quê nunca ouvi isso antes?

Perguntas indiretas com why.  I don't know why he did that.  

Não usamos how come numa pergunta indireta.  Para esse fim, é melhor ir de por quê.  Mas a ordem de uma pergunta indireta é   Sujeito + Verbo + (WH + Sujeito + Verbo) = a ordem depois de how come.
Why is he here?  I want to know why he is here. Por quê ele está aqui?  Quero saber por que ele está aqui. Quando pegamos a pergunta e a colocamos dentro de uma outra frase, a pergunta deixa de ser uma pergunta e a ordem de uma afirmação, sujeito + verbo + complemento, é usada.  Mais exemplos:
Why didn't she eat her spinach?  Can you tell me why she didn't eat her spinach?  Por quê ele não comeu o espinafre dela?  Você pode me dizer por que ela não comeu o espinafre dela?  Neste caso, inserimos uma pergunta dentro de uma outra pergunta.  O ponto de interrogação no final se refere à pergunta Can you tell me?  

Em Google e no Corpus of Contemporary American English quase não encontrei exemplos de perguntas indiretas com how come.  Uma frase como I don't know how come he did that soa muito estranha.  É muito mais normal dizer I don't know why he did that.  Seria um pouco mais normal colocar how come no fim de uma frase como I have no idea how come,  mas isso é bem raro também. Você faz idéia por quê?  Do you have any idea how come? é possível também, mas raro.

How come we say how come?   Por quê dizemos how come?

Não é de tudo claro, mas uma hipótese é que how come vem da pergunta How comes/came it that ...? How does/did it happen that.. Como acontece/aconteceu que...?